Redovita godišnja vizitacija Papinskoga hrvatskog zavoda sv. Jeronima obavljena je od 12. do 17. siječnja 2016. godine, ranije nego inače zbog biskupskoga imenovanja rektora msgr. Jure Bogdana. Vizitaciju je obavio predsjednik zajedničkoga biskupskog povjerenstva Hrvatskih biskupa za Zavod sv. Jeronima u ak. godini 2015./2016., msgr. Tomo Vukšić, vojni ordinarij u Bosni i Hercegovini. Tijekom vizitacije upoznao se s duhovnim i materijalnim stanjem u Zavodu. Razgovarao je pojedinačno s poglavarima, djelatnicima i svećenicima studentima.
Pred završetak svoga pohoda Zavodu, msgr. Vukšić predvodio je euharistijsko slavlje u zavodskoj kapelici u koncelebraciji s poglavarima i svećenicima studentima. U propovijedi je pošao od zborne molitve I. tjedna kroz godinu: „da spoznamo svoje poslanje u današnjem svijetu“. S obzirom na svrhu Zavoda, Biskup se zapitao koje je poslanje teologa u suvremenom svijetu. Služeći se usporedbom sa položajima ljudskoga tijela, istaknuo je četiri elementa: stojeća teologija, klečeća teologija, sjedeća teologija i hodajuća teologija. Posljednje dvije koje se odnose na znanstveni i pastoralni rad, danas su nekako prenaglašene, a zaboravlja se na one prve dvije koje im zapravo prethode: liturgiju i osobnu molitvu, rekao je msgr. Vukšić. Pozvao je svećenike studente da u svome studiju i budućem teološkom radu dadu prikladan prostor svim spomenutim dimenzijama stavljajući ih u pravi redoslijed.
Nakon euharistijskoga slavlja održan je zajednički susret svih članova Zavoda s vizitatorom. Na početku je rektor msgr. Jure Bogdan istaknuo činjenicu kako je ovo njemu kao rektoru već dvadeseta vizitacija. Naime, prema Statutima svake godine predsjedajući član peteročlanoga biskupskog povjerenstva provodi vizitaciju. Ta činjenica govori o velikoj važnosti koju hrvatski biskupi daju Zavodu koji djeluje u srcu Rima, naglasio je msgr. Bogdan. Biskup Vukšić je zatim iznio dojmove koje je stekao tijekom pregleda Zavoda i osobito tijekom osobnih razgovora, i koji su odreda pozitivni. O svemu će izvijestiti hrvatske biskupe na idućem zajedničkom zasjedanju HBK i BK BiH. Nakon biskupova izlaganja, uslijedila je zajednička rasprava u kojoj je msgr. Vukšić, među ostalim, odgovarao na pitanja o djelovanju Vojnog ordinarijata u Bosni i Hercegovini te o položaju i djelovanju Katoličke Crkve u toj zemlji.
